Пагани, который работал какое-то время в компании Lamborghini, учредил в 1988 году компанию Pagani Composite Research. Вновь созданная компания тесно сотрудничала с Lamborghini по реализации нескольких проектов, в том числе по: рестайлингу Lamborghini Countach, посвящённым 25 годовщине выпуска модели; разработке концепт-кара Lamborghini P140 и принимала участие в разработке Lamborghini Diablo. В конце восьмидесятых годов Пагани приступил к работе над автомобилем по собственному проекту, который назывался «Проект С8». Пагани хотел переименовать С8 на «Fangio F1», назвав его в честь многократного чемпиона гонок Формулы-1 Хуана Фанхио. 

 

В 1991 году, чтобы удовлетворить высокий спрос на свои проектные и дизайнерские работы, а также услуги по созданию прототипов была создана компания Modena Design.

В 1992 году Пагани приступил к работе над прототипом Fangio F1, и уже в 1993 году автомобиль успешно прошёл тестирование в аэродинамической трубе компании Dallara. 

В 1994 году компания Mercedes-Benz дала согласие на поставку для Пагани двигателей V12. Автомобиль, который получился, стал носить название Zonda C12. Чтобы почтить память великого гонщика, который скончался в 1995 году, Пагани отказался от названия Fangio F1. Публике впервые автомобиль был представлен в 1999 году на швейцарском автосалоне в Женеве. 

 

В 2005 году компания Pagani заявила о намерениях увеличить производство в три раза в течение ближайших нескольких лет и к 2007 году покорить американский рынок.

В сентябре 2007 года автомобилем Pagani Zonda F Club Sport был установлен рекорд трассы Нюрбургринг, но некоторое время спустя этот рекорд побили другие автомобили - Maserati MC12, Dodge Viper SRT10 ACR и Chevrolet Corvette ZR1.

Автомобили Pagani смогли вновь вернуть себе рекорд уже в 2010 году, который установил гоночный Pagani Zonda R. Являясь по своей сути независимой компанией, Pagani уже на протяжении многих лет тесно сотрудничает с AMG подразделением компании Daimler AG.